从2008级本科新生开始，他们在一、二年级通识课学习阶段，将由新组建的本科生院管理，院长由学校副校长姒建敏兼任。机构调整中，还出现“新面孔”：一位是管理学领域的知名学者陈劲，一位是信息学院教授刘向东。前者将出任本科生院副院长兼求是学院副院长，后者将担任本科生院教务长。
和现在常见的研究生院类似，浙大把本科生管理整齐划入一个“院”。新生入校后，在主修专业确认前的通识教育培养阶段，以本科生院的“求是学院”管理为主，专业学院协助管理为辅；当完成通识教育培养阶段后，本科生确认了主修专业，再回归到各专业学院管理。
据介绍，新组建的本科生院以“院务委员会”为最高决策机构，下设“本科专业与课程教学委员会”、“本科生素质发展与奖惩工作委员会”和“本科生院本科教学督导委员会”3个委员会，分别承担不同职责范围的规范制定，是院务委员会的咨询及执行监督机构。同时，院务委员会下设“学务处”、“学生工作处”、“教务处”、“教学研究处”和“教学质量与资源管理处”5个职能部门。而新建立的求是学院，则专门负责大类招生后，一年级新生及专业确认前学生的通识教育培养。
本科生院常务副院长，由被媒体称为“愤青教授”的郑强担任，他同时兼着求是学院院长一职。“没有一流的本科生教育，就不会有一流的研究生教育；没有一流的研究生教育，就不会有一流的大学科学研究。”郑强说，之所以要推行管理体制改革，是期望解决浙大人才培养中凸现的问题。